Cá sấu là các archosaur; được hình thành sớm từ sự chia tách ra khỏi phần còn lại của lớp bò sát khoảng 230 triệu năm trước đây, trong thời kỳ của kỷ Triassic. Họ hàng gần nhất của chúng còn tồn tại đến ngày nay là hậu duệ duy nhất còn sống sót của archosaur: chim. Giống như chim, chúng có mề và tim 4 ngăn. Không giống như chim, (là hậu duệ của khủng long (dinosaur)), hình dạng cơ thể cơ bản của cá sấu thay đổi rất ít theo thời gian

Crocodylus niloticus sinh sống trong một khu vực rộng lớn và vì thế có nhiều khác biệt giữa các quần thể của loài này. Tuy nhiên, không có phân loài chính thức, mặc dù có ít nhất 7 phân loài đã được đưa ra. Đó là:

• C. n. africanus: Cá sấu sông Nin ở Đông Phi
• C. n. chamses: Cá sấu sông Nin ở Tây Phi
• C. n. corviei: Cá sấu sông Nin ở Nam Phi
• C. n. madagascariensis: Cá sấu sông Nin ở Malagasy, cá sấu alligator Malagasy, hay Croco Mada
• C. n. niloticus: cá sấu sông Nin ở Ethiopia
• C. n. pauciscutatus: cá sấu sông Nin ở Kenya, cá sấu alligator Kenya hay cá sấu caiman Kenya
• C. n. suchus: cá sấu sông Nin ở Trung Phi